L'origine è la "nazionalità economica" delle merci in commercio ed è importante perché riguarda non solo l'iter doganale ma anche la tutela dei consumatori, che hanno il diritto e l'esigenza di capire il luogo di effettiva produzione delle merci, la tutela e l'uso esclusivo dei marchi di fabbrica, la registrazione nazionale o internazionale dei marchi. 

In ambito doganale, l'origine delle merci è un concetto complesso che riveste un importanza fondamentale in quanto l'esatta individuazione dell'origine è essenziale per una corretta liquidazione dei tributi dovuti e per non incorrere in sanzioni derivanti dalla mancata osservazione di restrizioni all'importazione o all'esportazione. 

Due tipi di origine: preferenziale e non preferenziale.

Con l'attribuzione di origine preferenziale , si intende il riconoscimento di uno status specifico che, offrendo benefici daziari all'importazione, si concretizza in una riduzione dei dazi o nella loro esenzione.

Alla base vi è un accordo tra due Paesi secondo il quale viene riservato un trattamento preferenziale. 
Le merci, per poter usufruire dei benefici indicati, devono avere requisiti che variano sia in base al prodotto (e quindi alla singola voce doganale) sia in funzione del paese di destino (e quindi secondo i singoli accordi siglati dall'UE con i Paesi esteri).
Al fine di poter conferire l'origine preferenziale ad una merce è necessario che questa subisca una "lavorazione sufficiente" che possa comportare o meno un cambio della nomenclatura combinata (codice TARIC). 

Qualora la lavorazione non comporti una classificazione doganale differente rispetto a quella del prodotto originario, si può verificare il requisito del valore aggiunto in due modi: 

• se il valore dei componenti non originari (originati in una nazione diversa) utilizzati per realizzare il prodotto è inferiore a una certa percentuale, calcolata sul prezzo franco fabbrica del prodotto, oppure
• se il valore dei componenti non originari utilizzati per realizzare il prodotto è inferiore a una certa percentuale - più alta della precedente - e contemporaneamente è inferiore al valore dei componenti originari.

Nell'ambito di ciascun protocollo di origine vengono, di norma, elencate una serie di lavorazioni che risultano essere sufficienti a conferire l'origine preferenziale alle merci, così come peraltro vengono solitamente elencate tutte le lavorazioni che comunque non possono mai essere considerate sufficienti a tale fine.

L'azienda esportatrice, una volta stabilito se il prodotto oggetto della vendita all'estero soddisfa le condizioni per essere definito preferenziale, richiede il rilascio del certificato Eur1 (rilasciato dalle autorità doganali del Paese esportatore) o appone la dichiarazione di origine preferenziale su fattura (solo per fatture al di sotto di un importo massimo definito in base ai singoli accordi coi Paesi).

Quando l'esportatore non risulti essere il produttore dei beni (merci di pura commercializzazione) oppure si avvale di semilavorati per cui deve valutare se la trasformazione è sufficiente, deve necessariamente richiedere al proprio fornitore un'apposita dichiarazione scritta nella quale il fornitore deve attestare se le merci rispondo alle regole per poter essere definite preferenziali se esportati verso il Paese di destino. 

Il principio di origine non preferenziale della merce si basa sul concetto di "interamente ottenuto" e di "ultima trasformazione sostanziale". 
I prodotti interamente ottenuti sono quelli chiaramente originari di un determinato Paese (art. 60, par. 1 CDU e art.31 Reg. UE n.2015/2446), mentre si parla di prodotti sostanzialmente trasformati quando due o più paesi intervengono nella fabbricazione di un prodotto, considerando origine quella del Paese in cui le merci hanno subito «l'ultima trasformazione o lavorazione sostanziale ed economicamente giustificata, effettuata presso un'impresa attrezzata a tale scopo, che si sia conclusa con la fabbricazione di un prodotto nuovo o abbia rappresentato una fase importante del processo di fabbricazione» (art.60, par. 2 CDU)

Accanto al criterio di ordine generale, vi sono specifiche indicazioni contemplate, dal 1°maggio 2016, nell'Allegato 22-01 del Regolamento Delegato 2446/2015.
La Commissione Europea, inoltre, ha pubblicato alcune regole interpretative per l'attribuzione dell'origine non preferenziale, individuate nell'ambito dei negoziati tenutisi a Ginevra presso il WTO (cd. Regole di lista).

Con riferimento alla trasformazione o lavorazione sostanziale,  alcune operazioni non sono considerate come tali (ai sensi dell'art. 34 RD 2446/2015) ad esempio: le manipolazioni destinate ad assicurare la conservazione dei prodotti durante il loro trasporto e magazzinaggio od operazioni volte a facilitare la spedizione o il trasporto; le semplici operazioni di selezione, classificazione e riduzione in pezzi; i cambiamenti d'imballaggio e le semplici operazioni di riempimento di bottiglie, casse, scatole, ecc..; l'apposizione sui prodotti e sul loro imballaggio di marchi, etichette o altri segni distintivi; la semplice riunione di parti di prodotti allo scopo di formare un prodotto completo; lo smontaggio o il cambiamento di uso; il cumulo di due o più operazioni tra quelle indicate.

L'origine non preferenziale delle merci deve essere comprovata mediante presentazione del certificato di origine che deve:
-recare tutte le indicazioni necessarie per l'identificazione delle merci cui si riferisce (i.e. quantità, natura, peso lordo, peso netto);
-attestare, senza ambiguità, che la merce cui si riferisce è originaria di un determinato Paese
-essere rilasciato dalla Camera di Commercio competente.

Infine, qualora l'operatore non sia in grado di stabilire l'esatta origine di un prodotto può richiedere all'Autorità doganale di adottare un'informazione vincolante in materia di origine (IVO).

Per ulteriori approfondimenti in tema doganale, leggi anche Il Codice TARIC e Cos'è la certificazione AEO.